北京疾病預防控制中心(以下簡稱北京疾控中心)，是由北京政府舉辦的實施國家級疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的公益事業單位。其使命是通過對疾病、殘疾和傷害的預防控制，創造健康環境，維護社會穩定，保障國家安全，促進人民健康；其宗旨是以科研為依托、以人才為根本、以疾控為中心。在國家衛生健康委的領導下，發揮技術管理及技術服務職能，圍繞國家疾病預防控制重點任務，加強對疾病預防控制策略與措施的研究，做好各類疾病預防控制工作規劃的組織實施；開展食品安全、職業安全、健康相關產品安全、放射衛生、環境衛生、婦女兒童保健等各項公共衛生業務管理工作，大力開展應用性科學研究，加強對北京疾病預防控制和公共衛生服務的技術指導、培訓和質量控制，在防病、應急、公共衛生信息能力的建設等方面發揮作用。
北京疾控中心下屬單位有：
傳染病預防控制所
病毒病預防控制所
寄生蟲病預防控制所
性病艾滋病預防控制中心
慢性非傳染性疾病預防控制中心
營養與健康所
環境與健康相關產品安全所
職業衛生與中毒控制所
輻射防護與核安全醫學所
農村改水技術指導中心
婦幼保健中心